Il a longtemp été considéré comme le leader de l'akatsuki mais il n'est en realité que le sous chef , c'est lui qui invoque le monstre qui stoque les Bijuus.Il est originaire d'Ame, village caché du Pays de la Pluie. Il possède une grande connaissance du monde des ninjas, et fait montre d'idées bien arrêtées en matiere de politique, d'économie et d'histoire.
Il est aussi très puissant. Il a battu le Kage d'Ame no Kuni à lui tout seul ainsi que toute sa famille et les connaissances du kage.........
Durant son enfance, Pein (qui s'appelait à l'époque Nagato )avait de long cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux. Tout comme Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre que faisait le pays de la Pluie, et tous les trois durent vivre seuls. Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre le ninjutsu. Peu après cette rencontre, Pein éveilla son Rinnegan, le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde ninja).
Pein paraît encore sensible car il pleure la mort de ses parents et même si Jiraya saura trouver les mots justes pour le rassurer. Il ne cesse de développer le rinnegan pendant les 3 années où Jiraya les entraîne lui et ses amis, puis après le départ de celui-ci, ils se débrouillèrent seuls, faisait de temps à autre parler d'eux.
Au Pays de la Pluie, Pein est considéré comme un dieu par ses alliés, il semble cependant que personne là-bas n'aie jamais vu son visage.
Plus tard il seras chargé par Tobi de capturé Naruto...